索罗星球上挖掘出了第六文明的遗迹，主角——名叫雪姬·科斯莫的少年与其他地球人移民到了这里。挖掘出来的巨型机器人被称为 Ideon，这个名字是 Formosa Sheryl 从废墟中发现的文件中获得的。

这个伊迪恩，是外星巴夫族传说中，作为伊德岛的巨神而流传下来的。卡拉拉·阿吉巴未经井出搜索队队长吉杰·扎拉尔的许可，前往索罗星球（洛戈·达乌饰）进行调查。

科斯莫 (Cosmo)、乔丹·贝丝 (Jordan Beth) 和伊姆霍夫·卡莎 (Imhof Kasha) 驾驶着 Ideon，但两个人类种族都惧怕对方，称对方为外星人，而当他们试图消灭外星人以保护自己的星球时，战争不断升级。

科斯莫和他的朋友们放弃了 Solo Planet，乘坐 Ideon 的母舰 Soloship 逃往太空。

未来的地球被置于“清洁地球政策”之下，寻求将人口、环境、污染等问题转移到地球之外的出路。随着火星和月球成为工业废料和罪犯流放地，在月球上组织军队的戈德海德博士研制出名为“黑熊”的量产战斗机器人，开始反抗地球。战斗的余波传到了由布鲁海姆博士和西尔维斯特将军指挥的地球联邦军物质传送系统试验场，一枚导弹撞上了实验设备。此次冲击导致电脑爱好者少年香取圭为竞技网游所制作的战斗机器人的数据与地球联邦的计算机混合，而圭编写的程序“Rezarion”通过物质传送装置的力量实体化。由于这些事件，他卷入了一场保护地球的战斗。