谁也不曾想过,七十年前那期神秘的罗斯威尔事件,时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌,即使它就在那里。某天,过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们,希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机,关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德,在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。而这一路上,层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来,将相继呈现在他们的眼前…
美国FBI探员福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案,他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持,至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究,并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张,难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰),表面上是协助穆德工作,实际上是希望这名崇尚科学的理性探员能够制约穆德的行为。两人最初的合作并不理想,完全不同的思维模式时刻导致争论的爆发。但随着各种离奇案件的出现以及两人交往的加深,穆德和斯科莉最终变成可以为对方出生入死的可靠伙伴……本片荣获1996~1999年度美国作曲家、作家及出版商协会影视音乐奖电视剧集第一名以及其他电影节近70个奖项。
X档案关闭后,穆德(David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰)和斯科莉(Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰)被分开,穆德受命执行监听工作,斯科莉则回到学院读书,某日国会议员麦特森(Raymond J. Barry 饰)向穆德透露一条消息,称在波多黎各接收到外星人的电讯,为了在特种部队之前找到外星人的证据,穆德只身前往,得知消息的斯科莉赶到穆德住处,从电脑中的旅客名单中找到线索,尾随来到波多黎各。
退休摇滚明星强尼·博兹(Bill Cable 饰)在性行为的过程中被人用白丝巾捆绑双手后用冰锥残忍刺死。其女友凯瑟琳·特拉梅尔(Sharon Stone 饰)是一名作家,去年出版的小说中就有双手被白丝巾捆绑的退休摇滚明星被女友用冰锥刺死的情节。虽然特拉梅尔通过了谎言测试,但曾枪杀两位游客却被判无罪的尼克·柯兰警探(Michael Douglas 饰)坚持认为特拉梅尔在说谎。因为他自己也曾接受过谎言测试,并且通过了……